Správcovia firemných sietí môžu blokovať IM protokoly na firewalli, ale nezabúdajte, že firewall nebráni tomu, aby používatelia posielali okamžité správy v rámci lokálnej siete. Pomocou skupinových politík (Group policy) viete zakázať instant messaging úplne.
Ak sa rozhodnete povoliť IM, je tu niekoľko odporúčaní: vypnite funkciu prenosu súborov a použite šifrovací program pre IM na zaistenie bezpečnosti komunikácie (používatelia na oboch koncoch komunikácie musia používať šifrovanie). Zvážte tiež nejaké riešenie pre riadenie komunikácie (IM Management), ktoré umožňuje sledovať správy, aby sa zabránilo jeho zneužívaniu. Ak si archivujete komunikáciu prebiehajúcu prostredníctvom IM, uistite sa, že tieto súbory sú bezpečne uložené a potenciálny hacker sa nemôže dostať k obsahu rozhovorov.
Šifrovacie nástroje vytvára napr. Zone Labs (IMsecure Pro) a Trillian Pro. Softvér na riadenie komunikácie ponúka napríklad Akonix, IMlogic a IMbrella.
